2026년 3분기 실적 컨퍼런스 콜, 2026년 11월 4일

전략적 성과는 확실하지만, 아직 실적으로 이어지지 않은 매출

PacBio는 3분기 컨퍼런스 콜에서 자사의 더 저렴한 SPRQ-Nx 시약(chemistry)이 현재 매출 기반으로는 다 담아내지 못할 정도로 더 큰 규모의 프로그램들을 이끌어내고 있다고 강조했다. 가장 중요한 신규 사안은 GeneDx가 희귀 질환 검사 포트폴리오에 리드(long-read) 전유전체 시퀀싱(WGS)을 추가하기로 한 계획이다. GeneDx는 미국 내 최대 임상 유전체학 기업 중 하나로, 이번 결정은 HiFi 기술이 대규모로 채택된 최초의 주요 미국 임상 분야 공식 채택 사례다. 경영진은 구체적인 물량이나 시기를 밝히지 않았으며, 매출 기여도는 아직 수치화되지 않았다. 마크 반 오에네(Mark Van Oene) 최고경영자(CEO)는 발표 이후 ASHG(미국인간유전리학회) 참석자들로부터 "상당한 관심"을 받었다고 밝혔다.

임상 부문은 이제 PacBio의 성장 엔진이다. 반 오에네 CEO는 TD코웬(TD Cowen)의 질문에 답하며 임상 소모품 매출이 "전년 동기 대비 20% 이상" 성장했으며, 최근 경영진이 언급했던 10대 중후반 수준을 넘어 전체 사업의 20%를 상회한다고 밝혔다. 그는 이를 "현재 PacBio의 성장 동력"이라고 평가했다. 유럽·중동·아프리카(EMEA) 지역이 여전히 임상 부문을 선도하고 있으나, 반 오에네 CEO는 유럽에서도 임상 부문이 전체 사업의 절반 미만에 그친다고 언급했다. 유럽의 통합 의료 체계와 연간 수천 명의 희귀 질환 환자를 진료하는 실험실들은 단일 워크플로의 경제성을 정당화하기 더 수월하다. 회사는 현재 이러한 논거를 미국 실험실들에도 적용하고 있지만, 아직은 "초기 단계"라고 설명했다.

바이오 AI, 성장 스토리의 두 번째 축으로 부상

경영진은 생물학적 인공지능(AI)을 위한 데이터 레이어로서의 포지셔닝에 이전보다 더 큰 무게를 실었다. 수년간 이어진 베릴리(Verily)와의 협력을 통해 HiFi 전유전체 워크플로는 2만 명이 넘는 연구원들이 이용하는 베릴리의 워크벤치(Workbench)에 탑재되게 된다. 목표는 롱리드 데이터와 실제 임상 기록을 결합하여 AI 준비가 완료된 데이터셋을 구축하는 것이다. 반 오에네 CEO는 발표 이후 바이오뱅크, 제약·바이오 기업, 의료 체계, AI 모델 개발사들로부터 관심을 받고 있다고 밝혔다. 구체적인 재무 조건은 공개되지 않았다. 그는 가치가 인프라 라이선스에 있는 것이 아니라 "유전체학, 의료 기록, AI를 연결하는 데" 있다고 말했다.

PacBio는 또한 타이초바이오(TychoBio)와의 협력을 발표하며, RNA 치료제의 효능과 오프타겟(off-target) 효과를 예측하는 모델을 학습시키기 위해 1만 개 이상의 샘플을 대상으로 HiFi 및 킨넥스(Kinnex) 전장(full-length) RNA 시퀀싱을 구동하기로 했다. 베이스캠프 리서치(Basecamp Research)의 트릴리온 진 아틀라스(Trillion Gene Atlas) 작업도 계속되어 매주 수백 개의 샘플이 시퀀싱 및 공급되고 있다. 베이스캠프는 이번 분기에 1억 4,000만 달러를 조달했으며, 경영진은 이를 외부 검증의 근거로 언급했다. 이 프로그램들은 1년 전에는 존재하지 않던 것들이다. 또한 의미 있는 수준의 매출은 아직 발생하지 않고 있으며, 투자자들은 AI 내러티브를 단기 실적 동력이 아닌 물량에 대한 옵션으로 바라봐야 한다.

SPRQ-Nx 채택은 탄탄하지만, 당장은 소모품 실적에 부담

이번 분기 레비오(Revio) 소모품 매출의 절반 이상이 SPRQ-Nx에서 발생했으며, 설치 기반의 3분의 2가 소프트웨어를 업그레이드했다. 경영진은 연말까지 대다수의 고객이 이를 선택할 것으로 예상하고 있다. 20배수(20x) 인간 게놈당 345달러라는 정가는 거래 파이프라인의 핵심이며, 일부 고객은 이를 활용하기 위해 동일한 샘플 풀을 세 번씩 구동하고 있다.

재무 결과는 엇갈렸다. 소모품 매출은 2,080만 달러로 전분기(2,010만 달러) 대비 약 3% 증가했으나, 전년 동기(2,130만 달러)보다는 감소했다. 빌 메이어(Bill Meyer) 최고회계책임자(CAO)는 이에 대해 고객들이 기존 시약 재고를 소진하고 다중 사용(multi-use) 워크플로로 전환하면서 "시퀀싱 활동이 소모품 구매보다 더 빠르게 증가하고 있기" 때문이라고 설명했다. 레비오의 장비당 연환산 소모품 매출(pull-through)은 약 20만 4,000달러였다. 경영진은 2026년 가이드라인 범위인 20만~22만 5,000달러를 유지했으며, 이는 현재 하단부에 안착할 것을 의미한다. 반 오에네 CEO는 회사가 약 30%의 가격 인하를 흡수한 상태로 연말을 마무리하고, 2027년에는 22만 5,000~25만 달러의 풀쓰루 범위로 복귀할 것으로 기대한다고 밝혔다. 이는 아직 증명되지 않은 수요의 가격 탄력성에 의존하는 전망이며, SPRQ-Nx 재주문의 첫 물량은 이번 분기에야 비로소 시작되었다.

유럽과 중국 주도로 장비 부문 회복세

총 매출은 4,060만 달러로 전년 동기(3,840만 달러) 대비 6% 증가했으며, 2분기의 3,900만 달러를 웃돌았다. 장비 매출은 16% 증가한 1,320만 달러를 기록했다. PacBio는 레비오 시스템을 13대에서 15대로 늘려 공급했으며, 베가(Vega) 시스템은 8월 베가에 적용된 SPRQ-Nx 출시로 출력량이 60기가베이스에서 90기가베이스로 향상된 데 힘입어 전년 동기 대비 9%, 전분기 대비 35% 증가한 35대를 납품했다. 베리 제노믹스(Berry Genomics)는 경영진이 40개 병원으로 확대될 수 있다고 언급한 5년짜리 중국 국가 선천성 결손 프로그램용으로 다수의 레비오 시스템 함대를 구축하고 있다. 레비오 납품의 절반 이상, 베가 출하의 90% 이상이 신규 고객에게 이루어졌다.

지역별 실적은 엇갈렸다. EMEA 매출은 유리한 가격 책정에 힘입어 30% 증가한 1,400만 달러를 기록했다. 아메리카 지역 매출은 1,818만(1,820만) 달러로 대략 보합세를 보였으나, NIH(미국 국립보건원) 및 학술 연구비 지원 불확실성으로 인해 장비 매출은 약 24% 감소했다. 아시아태평양 매출은 830만 달러로 전년 동기 대비 13% 감소했으나 전분기 대비 19% 증가했다. 경영진은 아메리카 지역의 학술 및 정부 연구비가 유의미하게 회복되지 않을 것이며, 중국은 점진적으로만 회복될 것으로 가정하고 있다.

질의응답 과정에서는 경쟁에서의 차질도 언급됐다. 싱가포르의 PRECISE 프로그램에서 현재 단계의 총 40万(40만) 개 샘플 중 최초 20만 개가 일루미나(Illumina)에 수주되었고, 일부 하위 집합은 울티마 지노믹스(Ultima Genomics)에 돌아갔다. 반 오에네 CEO는 잔여 물량에서 "DNA, RNA 또는 둘 다에 대해 롱리드 요소가 포함될 것이라는 낙관적인 입장"을 유지하고 있으나, PacBio에 수주된 것은 아직 없다고 밝혔다.

마진 악화, 높은 현금 소진, 그리고 CFO의 사임

비GAAP(Non-GAAP) 기준 매출총이익률은 36%로 전년 동기의 42%에서 하락했다. 메이어 CAO는 더 높아진 메모리 비용과 베가 제조 전환 비용을 원인으로 지목했다. 35%~37%의 연간 가이드라인은 단기적인 개선이 없을 것임을 시사한다. 비GAAP 영업비용은 구조조정 절감 효과로 13% 감소한 4,700만 달러를 기록했으며, 연간 영업비용 가이드라인은 기존 2억 1,500만~2억 2,000만 달러에서 2억 300만~2억 7,000만(2억 700만) 달러로 하향 조정되었다. 임직원 수는 445명으로, 1년 전의 491명에서 감소했다. 비GAAP 순손실은 3,280만 달러, 주당 0.11달러였다.

현금 및 투자 자산은 3분기 말 기준 1억 9,940만 달러로, 2025년 말의 2억 7,950만 달러에서 감소했다. UBS는 3분기 현금 소진액(burn)을 약 3,700만 달러로 추산했다. 메이어 CAO는 그 이유 중 일부가 매입채무 및 2분기 말에 허용된 "일부 연장된 매출채권"을 포함한 운전자본 타이밍 때문이라고 설명했다. 연말 현금 잔고를 1억 7,500만~1억 8,500만 달러로 제시한 가이드라인은 4분기 현금 소진액이 약 1,500만~2,500만 달러 수준임을 시사한다. 이는 운전자본의 반전에 크게 의존하는 급격한 감소세다.

회사는 또한 약 1.5년 동안 재임했던 짐 깁슨(Jim Gibson) 최고재무책임자(CFO)가 사임했다고 발표했다. 후임 인선 작업이 진행 중이며, 메이어 CAO가 당분간 최고회계책임자 역할을 겸임할 예정이다. 회사가 2029년 만기 전환사채 2억 달러와 2030년 만기 4억 달러를 안고 있는 상황에서 CFO가 사임하는 것은 주목할 만한 부분이다. 반 오에네 CEO는 "만기가 도래한 부채에 대해 조기에 대응해야 할 긴급한 필요성은 없다"며 채권단이 유연성을 보여왔다고 말했다. 경영진은 고처리량(high-throughput) 플랫폼 관련 개발 지출이 마무리되면서 발생하는 1,500만~2,000만 달러의 인건비 절감과 추가적인 1,500만~2,000만 달러의 절감 효과를 바탕으로, 여전히 2028년 현금흐름 손익분기점 달성을 목표로 하고 있다.

고처리량 플랫폼의 출시 시기가 핵심 변수

반 오에네 CEO는 고처리량 시스템의 개발이 "순조롭게 진행 중"이며 내년 연말까지 상업적 출시가 예상된다고 밝혔고, 구조조정 이후에도 팀은 완벽한 리소스를 유지하고 있다고 덧붙였다. 그는 이 플랫폼을 베리 프로그램과 같은 프로젝트에 자연스럽게 부합하는 시스템으로 규정하며, PacBio가 "이를 예상하여 현재 이러한 대규모 프로그램 중 일부에 대해 전략적인 가격 책정을 하고 있다"고 말했다. 이는 현재 진행 중인 일부 계약이 레비오 상에서 박한 경제성을 띠고 있음을 시사한다. 36%의 매출총이익률과 결합해 보면, 이는 새 플랫폼이 도래하기 전까지 대규모 프로그램들이 마진에 얼마나 기여할 것인가에 대한 의문을 제기한다. 플랫폼의 제때 납품은 마진, 풀쓰루, 그리고 AI 논거 모두에 중요하며, 2028년 손익분기점 목표는 지연될 여지를 거의 남겨두지 않고 있다.