Quantum-Si, Proteus 출시 2027년 2분기로 연기… 플랫폼 리스크 해소 위해 인력 20% 감축
2026년 2분기 실적 발표, 2026년 8월 13일
Quantum-Si가 2분기 실적 발표를 통해 자사의 주력 단백질 시퀀싱 플랫폼인 Proteus에 대한 투자자들의 기대치를 재조정하는 소식을 전했다. 당초 2026년 말로 예정됐던 출시 시점이 2027년 2분기로 연기됐으며, 이에 맞춰 전체 인력의 20%를 감축하고 프로그램 리더십을 재편한다. Jeffrey Hawkins CEO는 이번 결정을 속도와 신뢰성 사이의 의도적인 선택이라고 설명하며, "제품 준비 상태가 완전히 입증되기 전에 서두르기보다 생산 전 플랫폼의 리스크를 제거하는 것이 낫다"고 분석가들에게 전했다.
출시 연기 배경: 기술적 리스크 아닌 제조 반복성 문제
회사는 이번 출시 연기가 근본적인 과학 기술에 대한 의구심 때문은 아니라고 분명히 밝혔다. Hawkins CEO는 "통합 유닛에서 충분한 시퀀싱 데이터를 확보했으며 근본적인 기술에 대해서는 여전히 확신을 가지고 있다"고 강조했다. 대신 문제는 2026년 현재까지 제작된 통합 유닛 간의 성능 반복성(repeatability)이다. Hawkins CEO는 일부 장비는 내부 사양을 상회하는 성능을 보이지만, 다른 장비는 목표치에 미치지 못하고 있다며, 생산 단계로 넘어가기 전 성능 프로필을 표준화하기 위해 추가적인 설계 주기가 필요하다고 설명했다. 또한 광학 모듈의 제조 용이성 설계(design-for-manufacturability) 개선과 해당 모듈의 장비 통합 과정에서 예상보다 더 길고 어려운 작업이 발생했다고 덧붙였다. 이는 부품 제조사와 통합 담당사가 서로 다른 파트너사로 나뉘어 있어 발생한 문제로 풀이된다.
경영진은 이번 변화가 고객 피드백에 따른 대응이 아닌 내부적인 결정임을 강조했다. Hawkins CEO는 Alliance Global Partners의 분석가 Scott Henry에게 "고객으로부터 계획에 없던 새로운 기능을 추가해야 한다는 식의 피드백을 받은 것은 아니다"라고 말했다. 특히 이번 연기는 하드웨어에 국한된 문제다. Jeffry Keyes CFO는 시약 및 소모품 개발은 하드웨어 변화에 크게 좌우되지 않으며, Recognizer 효소 및 라이브러리 준비 작업은 계획대로 진행되고 있다고 확인했다.
아미노산 검출 범위 18개에서 19~20개로 확대
이번 연기의 긍정적인 측면은 Proteus 출시 시점에 검출 가능한 아미노산 개수가 기존 목표였던 18개에서 19개 또는 20개로 늘어난다는 점이다. 당초 20개 검출은 2027년 이후에나 가능할 것으로 예상했었다. Hawkins CEO는 18개에서 20개로 늘어나는 것이 실제 활용 측면에서는 제한적일 수 있다고 솔직하게 인정했다. 추가로 검출되는 아미노산은 자연계에서의 존재 빈도가 낮기 때문이다. 그는 이를 DNA 분석에서 SNP 어레이가 전장 유전체 시퀀싱(whole-genome sequencing)으로 전환된 것에 비유하며, "20개를 모두 필요로 하는 소수의 애플리케이션을 제외하면 시장이 크게 확대되는 것은 아니다"라고 말했다. Maxim Group의 분석가 Michael Okunewitch는 이에 대해 "더 이상 왜 18개로 충분하지 않은지 설명할 필요가 없어졌다"고 평가했다.
새로운 라이브러리 준비 전략: 범용 키트에서 애플리케이션별 제품군으로
이번 실적 발표에서 드러난 가장 실질적인 전략 변화는 단백질을 펩타이드로 분해하고 시퀀싱 어레이에 부착하는 과정인 라이브러리 준비 단계에서 나타났다. 기존에는 모든 단백질 유형에 적용 가능한 단일 범용 키트를 개발해 왔으나, Platinum 장비 설치 현장에서 얻은 실제 데이터를 바탕으로 애플리케이션별 맞춤형 키트 제품군으로 전략을 수정했다. Hawkins CEO는 "모든 단백질 유형과 워크플로우에서 최적의 성능을 내도록 설계된 단일 키트보다 목적에 맞는 포트폴리오를 구축하는 것이 개발 리스크를 줄이고 고객의 최적화 부담을 덜어줄 것"이라고 주장했다. 이에 따라 라이브러리 준비 제품군은 Proteus 출시와 동시에 선보일 예정이다.
비인간 단백질체학 시장 규모 40억 달러 이상으로 추산
Quantum-Si는 Platinum의 상업적 배치를 통해 그동안 공개적으로 산출하지 않았던 시장 규모를 구체화했다. 병원균 탐지, 농업 연구, 생물 보안 애플리케이션을 포함하는 비인간 단백질체학 시장이다. 경영진은 병원균 및 농업 연구 부문만으로도 연간 40억 달러 이상의 시장 기회가 있다고 평가했다. 이는 환경, 동물 건강, 산업 및 식품 애플리케이션을 제외한 수치로, Hawkins CEO는 이 수치를 "보수적"이라고 표현했다. 회사는 미 해군 연구소(U.S. Naval Research Laboratory)가 병원균 및 독소 탐지에 자사 시퀀싱 기술을 활용한 연구 사례와 미군 및 해외 군 관계자들과의 활발한 협력을 근거로 제시했다. 전략적 논리는 명확하다. 이들 시장은 비교 대상이 되는 표준 참조 서열(reference sequence)이 없는 경우가 많아, 단일 분자 기반의 참조 서열이 필요 없는(reference-free) 접근 방식을 취하는 Quantum-Si에 유리하다는 것이다.
인간 대상 시장에서는 유럽의 한 바이오파마 기업이 유전자 치료제 제조를 위한 AAV 혈청형 분석에 단백질 시퀀싱을 적용한 사례가 공개됐다. Platinum 장비로도 혈청형 간의 아미노산 차이를 감지할 수는 있었으나 일상적인 활용을 위한 시퀀싱 깊이(depth)가 부족했다. Proteus의 더 높은 나노웰(nanowell) 수를 기반으로 모델링한 결과, 해당 플랫폼은 충분한 민감도를 확보할 것으로 예상된다. 현재 150개 이상의 바이오테크 및 제약사가 AAV 기반 유전자 치료제를 개발 중이다.
매출은 여전히 미미, 출시 연기에도 가이던스 유지
상업적 수치는 여전히 초기 단계임을 보여준다. 2분기 매출은 34만 4,000달러로 전년 동기 59만 1,000달러 대비 감소했으며, 상반기 매출은 140만 달러에서 60만 2,000달러로 줄었다. 분기 매출총이익률은 50%였으나 상반기 누적 기준으로는 41%에 그쳤다. 경영진은 고객들이 Proteus를 기다리면서 Platinum 자본재 판매를 의도적으로 제한한 것이 매출 감소의 원인이라고 설명했다. 순손실은 2,880만 달러에서 2,350만 달러로 소폭 개선되었고, 조정 EBITDA 역시 마이너스 2,220만 달러에서 마이너스 2,120만 달러로 소폭 개선됐다. 로드맵 변경에도 불구하고 회사는 2026년 연간 매출 가이던스를 약 100만 달러, 조정 영업비용 9,800만 달러 이하, 총 현금 사용액 9,300만 달러 이하로 유지한다고 밝혔다.
비용 절감으로 2028년 4분기까지 자금 운용 가능
전체 인력의 약 20%를 감축하는 구조조정을 통해 연간 약 1,200만 달러의 영업비용 절감 효과가 기대되며, 퇴직금 지급 이후 4분기부터 그 효과가 나타날 전망이다. 6월 30일 기준 1억 6,990만 달러의 현금 및 현금성 자산과 시장성 유가증권을 보유한 회사는 2028년 4분기까지 자금 운용이 가능하다고 밝혔다. 이는 추가적인 자본 조달 없이도 출시 일정 연기를 충분히 감당할 수 있는 기간이다. Keyes CFO는 프로그램 핵심 비용은 보호받고 있기 때문에 SG&A(판매비와 관리비) 부문에서 대부분의 비용 절감이 이루어지며, R&D 지출은 이전 분기와 "상대적으로 일관되게" 유지될 것이라고 언급했다.
초기 액세스 및 고객 샘플 테스트 2027년으로 연기
하드웨어 연기에 따른 여파로 아직 공식적으로 시작되지 않았던 초기 액세스 프로그램은 2026년 말 이전이 아닌 2027년 초에 시작될 가능성이 높다. 경영진은 그보다 앞선 2026년 말이나 2027년 초에 고객 샘플 평가 프로그램을 시작하기를 희망하지만 확정된 날짜는 없다고 밝혔다. 그동안 회사는 잠재 고객들이 기존의 장비 배치 프로그램을 통해 구형 장비를 체험할 수 있도록 충분한 Platinum Pro 재고를 유지할 계획이다.
Proteus 전환으로 반도체 의존도 감소
Q&A 세션에서 드러난 구조적인 긍정적 요소는 반도체 파운드리 생산 능력 및 가격에 대한 의존도가 낮아진다는 점이다. Platinum의 CMOS 칩 기반 소모품은 반도체 수급 리스크에 노출되어 있었으나, Proteus는 칩 대신 융합 실리카 유리 어레이(fused silica glass array)를 사용한다. Hawkins CEO는 온보드 데이터 분석을 위한 GPU 소비에 있어서는 여전히 "소규모 플레이어"이며, 업계 전반의 긴 리드 타임을 고려해 생산 전에 재고를 확보할 계획이지만, 칩 가격 인상이 Proteus 생산 확대에 큰 제약이 되지는 않을 것으로 내다봤다.